Особенности применения органических и минеральных удобрений сильно зависят от культуры, под которую их вносят, от почвы и от других факторов. Однако есть общие особенности для конкретных видов удобрений, которые нужно обязательно учитывать — иначе можно вообще не получить желаемого эффекта.
Фосфорные удобрения нужно вносить под глубокую перекопку (т.е. осенью). Дело в том, что фосфор не проходит вглубь почвы с дождями (как азот), поэтому его нужно перемешать с 20-25 сантиметровым слоем почвы, где располагается основная масса корней.
Азотные удобрения, наоборот, стараются вносить весной, перед посевом и в подкормки. Азот легко перемещается с водой в почве, и если внести его осенью, то он может вымыться с талыми водами.
Калийные удобрения, также как и фосфорные, обычно вносят осенью. Самое распространенное калийное минеральное удобрение — хлористый калий — содержит хлор, вредный в больших количествах для многих растений. Если внести это удобрение осенью, то к весне хлора в почве практически не останется.
Для всех удобрений (и минеральных и органических) при их внесении необходима немедленная заделка в почву (перекопкой, мотыгами или граблями). Даже кратковременное (2-3 часа) пребывание под солнцем на открытом воздухе может привести к большой потере питательных элементов удобрений.
Навоз нельзя вносить свежим — в нем содержится много семян сорных растений, которые не перевариваются в желудке у животных. Если есть подозрения, что привезенный навоз свежий, то его нужно оставить на 2-3 месяца большой компактной кучей, укрыв сверху куском полиэтилена или травой. При этом навоз самосогревается до 60-70 °С, что сорные семена не могут перенести. Вносить навоз нужно также под перекопку.
Кислотность почвы сильно влияет на эффективность удобрений. Лучше, когда реакция почвенной среды нейтральная (рН = 6..7). При повышении кислотности или щелочности почвы определенные элементы питания становятся мало доступными, при этом эффективность удобрений резко снижается. Поэтому на кислых почвах проводят известкование, на щелочных — гипсование.